Circolare Ministero della Salute n. 055819 del 03 Dicembre 2021

Stima della prevalenza delle varianti VOC (Variant Of Concern) in Italia: beta, gamma, delta, omicron e altre varianti di SARS-CoV-2

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In data 26 novembre 2021, l’ECDC e l’OMS hanno segnalato la diffusione di una nuova variante VOC appartenente al lignaggio Pango B.1.1.529, denominata Omicron. Le prime indicazioni sono state diffuse a Regioni e PPAA con nota 54258 del 26/11/2021 ad oggetto: “Diffusione nuova variante VOC B.1.1.529 (Omicron)”. Alla data del 2 dicembre 2021 risultano identificati in Italia 4 casi di variante Omicron, di cui tre collegati ad un primo caso in un viaggiatore di ritorno dal Mozambico.

La variante B.1.1.529 presenta un numero elevato di mutazioni del gene S rispetto al virus originale (A67V, D614G, D796Y, E484A, G142D, G339D, G446S, G496S, H69del, V70del, H655Y, ins214EPE, K417N, L212I, L981F, N211del, N440K, N501Y, N679K, N764K, N856K, N969K, P681H, Q493R, Q498R, Q954H, S371L, S373P, S375F, S477N, T95I, T478K, T547K, V143del, Y144del, Y145del, Y505H) e mostra un Sgene target failure (SGTF) in RT-PCR. Questa caratteristica può essere utilizzata come proxy per una rapida identificazione nel caso che non vi sia contemporanea circolazione di altre varianti con la stessa caratteristica.

Considerata la segnalazione di varianti emergenti, oltre alle attività di sequenziamento già raccomandate con la circolare n. 3787 del 31/01/2021 “Aggiornamento sulla diffusione a livello globale delle nuove varianti SARSCoV2, valutazione del rischio e misure di controllo”, richiamate anche nel recente documento tecnico dell’OMS “Enhancing Readiness for Omicron (B.1.1.529): Technical Brief and Priority Actions for Member States” (consultabile al link: https://www.who.int/publications/m/item/enhancing-readiness-for-omicron- (b.1.1.529)-technical-brief-and-priority-actions-for-member-states), si rende opportuno continuare le indagini rapide periodiche per valutare la diffusione delle varianti circolanti.

Facendo seguito alle indagini rapide (quick survey) già condotte nel 2021, e considerata la recente emergenza della VOC Omicron, è stata quindi disegnata un’indagine rapida coordinata dall’Istituto Superiore di Sanità in collaborazione con le Regioni e PPAA ed in particolare con i laboratori da queste ultime identificati. La metodologia è descritta in dettaglio nella nota tecnica riportata in Allegato.

Questa valutazione prenderà in considerazione i campioni notificati il 06/12/2021, corrispondenti a prime infezioni, da analizzare tramite sequenziamento genomico.

[...] Segue in allegato

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