Considerato in diritto
1. Il Collegio rileva la fondatezza del secondo motivo di ricorso, con conseguente pronuncia dell'annullamento con rinvio della sentenza impugnata limitatamente al punto relativo alla determinazione della sanzione.
2. Manifestamente infondata, invece, è la prima doglianza, con cui l'ente ricorrente ha lamentato l'erroneità della valutazione con cui la Corte di appello ha ritenuto la sussistenza dell'avvenuto conseguimento, da parte della T.C.Z. s.r.l., di un vantaggio o di un interesse conseguente al reato, da identificarsi nelle omesse spese per la realizzazione della segnaletica dipinta a pavimento e per l'individuazione dei percorsi destinati a pedoni e veicoli, sul presupposto che - in ragione di quanto dedotto dalla difesa - si sarebbe trattato di una cifra sostanzialmente irrisoria, quantificabile in poche centinaia di euro.
Tale censura, nella sostanza, si appalesa come finalizzata ad ottenere solo una rivalutazione del materiale probatorio raccolto, il che, avuto riguardo alla coerenza ed alla logicità della motivazione espressa, fa ritenere la stessa certamente non fondata.
Il ricorrente, cioè, ha di fatto prospettato una non consentita lettura alternativa della valutazione operata in sede di merito, il cui esame è, tuttavia, precluso a questo giudice di legittimità, che non può procedere ad una rilettura degli elementi di fatto posti a fondamento della decisione impugnata e ad un'autonoma adozione di nuovi e diversi parametri di ricostruzione e valutazione dei fatti, indicati dal ricorrente come maggiormente plausibili o dotati di una migliore capacità esplicativa rispetto a quelli adottati dal giudice del merito (cfr., fra i molteplici arresti in tal senso: Sez. 6, n. 5465 del 04/11/2020, dep. 2021, F., Rv. 280601-01; Sez. 6, n. 47204 del 07/10/2015, Musso, Rv. 265482-01; Sez. 1, n. 42369 del 16/11/2006, De Vita, Rv. 235507-01).
D'altro canto, la deduzione difensiva per cui si sarebbe trattato solamente di un ritardo nella realizzazione della segnaletica, piuttosto che di un'omissione definitiva, rappresenta solo un dato fattuale irrilevante rispetto alla configurazione della fattispecie, posto che il criterio di imputazione dell'«interesse » ricorre anche solo quando l'autore del reato abbia violato la normativa cautelare con il consapevole intento di consegui re un risparmio di spesa per l'ente, indipendentemente dal suo effettivo raggiungimento - invece integrante il diverso criterio del «vantaggio» -.
3. Viceversa fondato è, come detto, il secondo motivo di ricorso, dovendosi ravvisare nel provvedimento impugnato il vizio motivazionali dedotto da parte del ricorrente.
Con riferimento alla valutazione del secondo motivo di appello - coincidente con quello oggetto del presente esame -, la Corte territoriale ha esplicato, infatti, come, nel caso di specie, non possa trovare applicazione la riduzione fissa della sanzione pecuniaria stabilita dal combinato disposto degli artt. 11, comma 3, e 12, comma 1 lett. a), d.lgs. n. 231 del 2001, sul presupposto che, all'evidenza, <<lo studio del percorso pedonale e veicolare e la relativa realizzazione avevano un costo (rispetto al cui ammontare, peraltro, nulla è documentato, salva la generica allegazione del costo di qualche centinaia di euro)».
Con l'indicata motivazione, pertanto, la Corte di appello ha affermato di non poter ravvisare un'ipotesi in cui l'ente non abbia ricavato .alcun vantaggio dal fatto criminoso, ovvero ne abbia ricavato uno solo minimo, rappresentato dal risparmio dell'indicato costo, conseguentemente escludendo l'operatività dell'invocata disposizione normativa di favore.
Pur tuttavia, il Collegio non può non osservare come, in maniera del tutto distonica, oltre che palesemente assertiva - non essendo stato esplicato sulla base di quali dati i giudici di appello abbiano ritenuto che il costo di realizzazione della segnaletica dipinta a pavimento non potesse essere ritenuto di esigua entità - , la Corte distrettuale abbia successivamente osservato, sia pur riferendosi ad un altro motivo di doglianza, che la realizzazione delle omesse opere richiedesse dei costi «non eccessivi». Risulta palese, infatti, l'aporia logica e la contraddizione motivazionale insita in tali antitetiche affermazioni, tali da imporre la conseguente necessaria rimeditazione, da parte dello stesso giudice di merito, della effettuata determinazione della sanzione nei riguardi dell'ente ricorrente.
4. Ne consegue, in conclusione, l'accoglimento del secondo motivo di doglianza, da cui deriva l'annullamento della sentenza impugnata limitatamente al punto relativo alla determinazione della sanzione, con rinvio per nuovo esame alla Corte di appello di Bologna, nel resto dichiarandosi l'inammissibilità del ricorso.